Kemasukan pertama Ahmad Zakiyuddin ke dalam politik sebagai ahli biasa Parti Keadilan Rakyat (PKR) datang dalam pilihan raya Pulau Pinang 2013.[3] Beliau bertanding di kawasan Dewan Undangan Negeri Pinang Tunggal dan kalah dalam perjuangan lawan terhadap Roslan Saidin dari Barisan Nasional (BN).[4]

Pada pilihan raya negeri Pulau Pinang 2018, Ahmad Zakiyuddin sekali lagi menentang Roslan Saidin, ADUN Negeri Pinang untuk Pinang Tunggal. Kali ini dia muncul menang, memenangi kawasan pilihan raya dengan margin yang tipis 127 undi, walaupun menghadapi pertembungan tiga penjuru untuk kerusi itu.[5] Berikutan kemenangan pilihan rayanya, Ahmad Zakiyuddin dilantik sebagai Timbalan Ketua Menteri I Pulau Pinang oleh Ketua Menteri, Chow Kon Yeow.[3] Ahmad Zakiyuddin menganggotai jawatan sebagai Timbalan Ketua Menteri pada 16 Mei, menggantikan rakan sekerjanya, Mohd Rashid Hasnon, yang menjadi Ahli Parlimen Batu Pahat di Johor.